Francesco Bonaini (Livorno, 20 luglio 1806 – Collegigliato, 28 agosto 1874) è stato un filologo, paleografo e archivista italiano.
Francesco Bonaini nacque da Domenico, figlio di un ebreo convertito al cattolicesimo, e Giuseppa Carboni. Dopo che il padre morì suicida a causa di una malattia mentale, Francesco Bonaini intraprese la carriera ecclesiastica, studiando all’Università di Pisa e laureandosi in utroque iure nel 1825 e teologia nel 1826. L’anno successivo, grazie anche al beneplacito del granduca Leopoldo II, divenne professore di diritto canonico. Nei quattordici anni successivi, però, si dedicò principalmente all’analisi dell’archivio storico di Pisa, ricostruendone la storia medievale e i rapporti commerciali con le altre città durante la sua fase aurea di repubblica marinara.
Deposto l’abito ecclesiastico e dopo aver rinunciato ai benefici sino allora goduti, passò, nel 1840, dalla cattedra di teologia a quella di storia del diritto italiano, istituita in conseguenza delle riforme universitarie attuate da G. Giorgini, e, nel 1843, ebbe anche l’incarico di bibliotecario della università. Dopo la fondazione nel 1842 dell’Archivio storico italiano, per opera del Vieusseux, collaborò dapprima al periodico quale corrispondente, e decise in seguito di pubblicaryi i risultati delle ricerche, proprie e di altri studiosi, svolte in archivi e biblioteche. Redasse, in gran parte, gli Annali delle Università toscane, che presentò con una prefazione al primo volume: in essi pubblicò un pregevole lavoro sull’arte pisana e, poco dopo, vi riunì il frutto delle ricerche fatte sul periodo di Arrigo VII.
Nel 1848, con il grado di capitano del battaglione universitario pisano-senese, partì con i volontari toscani per i campi lombardi; colpito a Reggio da un attacco della malattia paterna, fu ricondotto a Firenze dal fratello Gustavo e ricoverato nel manicomio di Perugia, diretto allora da C. Massari, che era anche direttore della civica biblioteca; questi lo curò fraternamente e mise a sua disposizione i preziosi manoscritti della biblioteca perugina. Dopo un anno circa poté partire da Perugia guarito, e i documenti da lui raccolti furono pubblicati nell’Archivio storico italiano nel 1850-51.
Tra il 1848 e il 1851 a Firenze, constatando lo stato di disordine degli archivi di tutte le magistrature repubblicane e granducali, allora chiusi al pubblico, riuscì ad ottenere con inusitata rapidità dal granduca Leopoldo II la costituzione di una commissione per la sistemazione degli archivi.
Nel riordino degli archivi toscani, Francesco Bonaini introdusse in Italia il metodo del rispetto dei fondi (o principio di provenienza), adottato in Francia nel 1841 grazie allo storico Natalis de Wailly e che si opponeva al principio di pertinenza o metodo peroniano adottato nel Regno Lombardo-Veneto grazie all’azione di Ilario Corte e soprattutto di Luca Peroni. Secondo la metodologia promossa da Francesco Bonaini, gli archivi non dovevano essere separati e riorganizzati sulla base della materia trattata nei documenti (principio di pertinenza), ma dovevano essere mantenuti integri (principio di provenienza).
Il lavoro di riordinamento degli archivi toscani e le gravi responsabilità che questo ufficio gli dava, finirono per sfibrare ulteriormente la già precaria salute psichica di Bonaini. Nel 1865, infatti, vi fu il trasferimento della capitale del Regno d’Italia da Torino a Firenze con il trasferimento degli archivi ministeriali nel capoluogo toscano e l’adibimento di alcuni locali dell’Archivio di Stato di Firenze ad uso del Senato furono infatti un duro colpo alla sua capacità di lavoro. Dopo un primo ricovero sempre nel manicomio di Perugia nel 1863, fu definitivamente internato nella casa di salute di Collegigliato (Pistoia), dove morì per atrofia cerebrale nel 1874. Le sue spoglie riposano nel Camposanto monumentale di Pisa,